本课题组的研究领域主要定位为污染控制和环境生物技术，具体分为2个方向：
(1) 污染物风险评估及控制（近年主要关注抗生素、抗性基因等新污染物）
(a)天然或人工生态系统中污染物的风险评估和高效去除
(b) 污染物降解功能菌的DNA-SIP识别、富集培养、分离、筛选和强化处理应用
(c) 饮用水水质风险评估和控制技术（涉及生物稳定性、黄水相关微生物、致病微生物、抗生素、抗性基因等）
(2)元素生物地球化学循环和温室气体控制
红树林、湖库、河流、人工湿地、土壤系统中碳、氮、硫循环功能微生物（尤其温室气体相关的功能微生物）分布特征及影响因素（包括有毒污染物）、以及病毒对元素循环的调控过程和机制