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国家自然科学基金项目
1 国家自然科学基金面上项目“人工湿地系统中磺胺类抗生素的生物降解机制和生物强化去除研究” (51778006)，项目负责人，2018.1-2021.12
2 国家自然科学基金重大研究计划重点支持项目“梯级开发对澜沧江氮迁移转化的影响机制及生态环境累积效应研究” (91747206)，任务负责人，2018.1-2021.12
3 国家自然科学基金面上项目“云南典型湖泊系统中甲烷产生和转化研究" (41571444)，项目负责人, 2016.1-2019.12
4 国家自然科学基金面上项目“利用稳定同位素探针技术研究垃圾填理场区域地下含水层内多环芳烃的原位降解微生物及其生物修复方法”（50979002），项目负责人，2010.1-2012.12
5 国家自然科学基金青年科学基金项目“臭氧氧化副产物溴酸盐的控制对策研究”（50408006）, 项目负责人，2005.1-2007.12
其他国家级课题
1国家重点研发计划政府间国际科技创新合作项目“内河环境污染事故应急与生态风险管控技术研究”(2023YFE0102400), 2023.7-2025.6, 任务负责人
2 国家“十二五”水专项课题“海河南系子牙河流域下游湿地生态恢复关键技术与示范"(2014ZX07203008)，专题负责人, 2014.1-2016.12
3 国家“十一五”水专项 “流域水生态功能评价与分区技术课题”的第4子课题“水生态功能分区的实施机制研究”(2008ZX07526-001-004），子课题负责人， 2008.9-2010.12
4 国家“十一五”水专项 “滇池北岸重污染排水区控源技术体系研究与工程示范”的第1子课题”重污染排水区主要污染源控制技术与工程示范” (2008ZX07102-002-01), 专题负责人，2009.1-2011.12
省部级课题
1 环保部公益项目“石油污染土壤生态毒性微生物传感快速检测技术与方法研究”(201309034), 主要成员, 2013.1-2015.12
2 教育部留学回国人员科研启动基金“磷对饮用水中致病微生物生长的影响研究”, 课题负责人，2010.1-2012.12
其他代表性课题
1 国家环境保护环境微生物利用与安全控制重点实验室开放基金 “氯胺浓度对管道生物膜中细菌群落结构、及致病菌和氨氧化细菌的影响研究” (MARC2012D010), 课题负责人, 2013.1-2014.12
2 环境模拟与污染控制国家重点联合实验室(北京大学)自由研究课题“基于分子生物学技术研究流域氮循环和含氮温室气体生消机制”(14Y02ESPCP), 课题负责人, 2014.5-2015.5
3 环境模拟与污染控制国家重点联合实验室(北京大学)自由研究课题“传统及新型全氟化合物对土壤温室气体排放及相关功能微生物的影响” (19Y01ESPCP)，课题负责人, 2019.5-2020.
4 环境模拟与污染控制国家重点联合实验室联合基金“生物处理工艺对新型污染物亚硝胺和抗生素的代谢机理”(21L01ESPC)，联合负责人，2021.5-2023.5
5 深圳市科技计划项目(技术攻关重点项目) “基于生物耦合的海湾脆弱生态系统修复关键技术研发” (JSGG20170824110218769)，主要成员, 2018.4 -2020.10
6 深圳市可持续发展科技专项项目“红树林生态系统监测评估与修复技术研究与应用示范”(KCXFZ20230731094059009)，主要成员, 2023.11-2026.11
