随着观测技术和野外调查手段的不断发展，生态学与环境科学迎来了大数据时代。两个学科的数据快速积累，很多数据是空间数据或时间序列数据。分析这些数据特性使得很多数据传统手段变得困难，传统的统计软件已经很难满足当前的数据分析需求。R语言是一种用于科学计算和绘图的语言和环境。近年来，R语言以其灵活、开放、易于掌握、接近人类语言、免费等诸多优点，在数据分析领域迅速传播并赢得广大研究者的青睐。目前大部分生态学及环境科学领域SCI研究论文均使用到R语言作为数据分析的工具。《纽约时报》发表社评称R语言带来统计学领域新的革命。

本课程将针对生态学和环境科学的数据特点，介绍R语言的基本语法、R函数编写、常用统计方法(相关、回归、多元统计分析、混合线性模型、结构方程模型等)的实现及其统计基础、R语言高级做图、并行运算、基于R语言的字符串分析及应用、空间分析及制图以及基于R语言的生态学与环境科学分析方法（宏观进化分析、群落生态学分析、生态零模型、物种分布模型建模、数据搜寻与获取、气候与环境数据计算等）。目标是使学生掌握R语言的基础，并能在个人研究中灵活运用R语言。

本课程最大的特点是注重动手能力的训练和基于实际数据的实战操作。学习使用R与学习游泳一样，光在岸上学习游泳理论和技巧而不下水练习，永远学不会游泳。因此课程包含课堂教学和上机实践。课程将使用多个生态学和环境科学数据作为案例，介绍如何使用R进行相关科学问题的分析。本课程还将提供本人在过去十几年中开发的大量R程序，供学生练习使用。