- 自然科学基金面上项目，"石墨烯迁移率的计算研究"（课题负责人，2014-2017）；
- 973计划项目，"基于蛋白质调控网络的系统生物学研究"（参加，2015-2019）；
- 自然科学基金面上项目，"天然无序蛋白质的结合动力学特性及序列－结构关系"（课题负责人，2010-2012）；
- 973计划项目，"基于蛋白质结构与相互作用的计算生物学研究"（课题负责人，2009-2013）；
- 自然科学基金创新研究群体项目，"生物网络研究"（参加，2008-2013）；
- 中央高校基本科研业务费专项基金，"石墨烯剪纸电子学研究"（参加，2009-2010）；
- 教育部留学回国人员科研启动基金，"动力学过程数值模拟中的加速算法研究"（负责人，2008-2010）。