由云南省环境科学研究院与北京大学联合申报，2012年12月通过云南省科技厅的批准筹建，2015年4月通过云南省科技厅验收，是国内唯一以高原湖泊为对象的重点实验室。实验室目前牵头承担了国家重大科技专项、国家973计划青年项目、国家自然科学基金、云南省科技发展项目等，在高原湖泊的富营养化机理、综合调控技术与对策方面发表了创新性的研究成果，支撑了国家重点流域水污染规划的编制和实施。