1. “上海、深圳、海南医疗保障模式比较研究”，香港特别行政区政府，课题负责人
2. “中国医疗保障制度改革研究”，香港特别行政区政府，课题负责人
3. “医疗个人账户研究”，香港理工大学，课题负责人
4. “中国农村卫生体制改革”，美国中华医学基金（CMB），2003-2004，课题顾问
5. “中国卫生事业单位改革——医疗卫生机构改革研究”，2004，世界银行，课题负责人
6. “中国农村医疗卫生改革”，2004-2006，教育部留学归国基金，课题负责人
7. “北京市医疗卫生体系改革研究”，2005，北京市教育委员会共建项目，课题联合负责人。
8. “北京市医疗资源优化方案研究”，2005-2006，北京市卫生局、北京市政府，课题负责人
9. “中国企业医院改革研究”，2005-2006，卫生部，课题负责人
10. “国民转移支付账户——中国案例”，2005-2008，联合国人口基金，课题负责人
11. “老年人口家庭、健康与照料需求成本研究－主课题，应对老龄化严峻挑战的医疗卫生服务政策研究－子课题”，2005-2008，国家自然科学基金，课题负责人
12. “北京市医疗卫生改革”，2006-2008，默克基金，课题负责人
13. “高值医用耗材价格形成机制及经济分析”，卫生部，课题负责人
14. “中国吸烟的成本”，2006，辉瑞公司，课题负责人
15. “中国医药卫生体制改革方案设计”，2007，国务院医改协调领导小组，课题主要成员和报告执笔人
16. “信息不对称与医疗体制改革”, 2007-2009,教育部人文社会科学重点研究基地重大项目, 课题负责人
17. “西北五省城乡居民基本卫生保健服务研究”，2007-2008，卫生部，课题联合负责人
18. “政府所属医院公益性的实现方式和考核评估研究”，2008，卫生部，课题负责人
19. “公立中医院财政经费保障机制和运行机制研究”，2008-2009，国家中医院管理局，课题负责人
20. “‘健康中国2020’战略规划研究-公共政策研究组”，2008，卫生部，课题组副组长
21. “‘健康中国2020’战略规划研究-综合研究组”，2009，卫生部，课题组副组长