部分已完成项目
- 科技部863探索导向类课题“治理含氮杂环芳烃污染的基因强化技术研究”（2006AA06Z336），2007-2009，课题负责人；
- 国家自然科学基金项目“治理污染河流的旁路处理系统中微生物群落结构与运行效率的关系”（50778001），2008-2010，项目负责人；
- 国家自然科学基金项目“处理氮杂环芳烃化合物废水的SBR中菌群结构与功能基因研究”（50878001），2009-2011，项目负责人；
- “十一五”滇池水专项——滇池流域水污染治理与富营养化综合控制技术及示范项目，第2课题“滇池北岸重污染排水区控源技术体系研究与工程示范”（2009ZX07102-002），2009-2011，子课题1“重污染排水区主要污染源控制技术与工程示范”负责人；
- 科技部863探索类课题（滚动支持课题）“生物沸石反应器处理含氮杂环芳烃废水的功能基因强化技术研究”（2009AA06Z309），2010-2012，课题组长；
- 国家自然科学基金项目“工业园区水环境中氨氧化菌的构成及其在氨氮转化中的作用” （51178002），2012-2015，项目负责人；
- 国家自然科学基金海外合作项目“影响微生物附着与成膜的工程材料表面微米和纳米微观结构特性研究”（51228802），2013-2014，项目中方合作人；
- 珠海市环境保护监测站“珠海水环境中抗生素及抗性基因分布初步研究”（ZHGJ2016-011），2016，项目负责人；
- 国家自然科学基金项目“基于分子水平的降解型生物膜形成机理与生物膜强化处理机制”（51378019），2014-2017，项目负责人；
- 北京市自然科学基金面上项目“北京大气PM2.5所携ARGs的季节分布特征及潜在传播途径”（8192022）,2019-2021，项目负责人；
- 国家自然科学基金海外合作项目（延续）“工程材料表面模式对细菌附着与成膜的调控及其对生物膜群落的影响”（51529801），2016-2019，项目中方合作人；
- 国家自然科学基金面上项目“受污染水环境中抗生素和抗生素抗性基因的分布规律及影响因子研究”（51678003），2017-2020，项目负责人；
目前承担项目
- 国家自然科学基金重点项目“制药废水绿色减排新技术及其对高风险污染物控制原理”（51938001），2020-2024，项目负责人；
- 国家自然科学基金面上项目“近岸环境中陆源难降解有机碳胁迫下的微生物碳氮循环耦合机制”（52170185），2022-2025，项目负责人.