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在工程技术方面，结合当前我国水污染控制的重大需求，开展难降解工业废水处理的试验研究，重点是生物强化技术、排水的生态安全保障技术，开发难降解工业废水绿色减排的工艺体系。研究涉及环境工程、环境监测、环境毒理等多学科方法的交叉。

在基础科学方面，关注环境微生物生态学的研究热点，研究生物膜体系中细菌成膜特性、群体效应、生物膜群落结构与功能，识别污染物、微生物、工程材料之间的相互关系；研究抗生素、抗生素抗性基因、微塑料等新型污染物在人工和自然环境中的归趋和潜在风险；研究废水处理系统和受污染水环境中微生物群落的构建机制，建立水生态健康的评估和预警体系。研究涉及微生物学、环境生态学、分子生物学、环境基因组学、生物信息学、环境化学、数理统计学等多学科方法的融合。