本课题组的研究领域主要定位为污染控制和环境生物技术，具体分为4个方向：

(1)  土壤和沉积物中有机污染物生物降解和修复

    有机污染物的高效降解菌的筛选与生物强化技术的研发、有机污染物生物降解机制与调控策略(近年主要关注抗生素等新污染物)。

(2) 生物-生态水处理系统的微生物生态及污染物转化机制

     揭示生物-生态水处理系统(如人工湿地、水处理生物反应器等）中微生物群落和影响因素、以及污染物生物转化机制。

(3) 陆地和天然水生态系统的微生物生态和元素地球生物化学机制

    开展水和土壤生态系统中微生物群落组成和功能、以及环境影响因子（或有毒污染物）研究，揭示物质转化和碳、氮、硫循环的地球生物化学机制。

(4) 饮用水供水系统生物安全性评估和对策

    涉及供水系统的微生物群落（包括净化功能微生物、水质风险有关的特殊微生物）、抗生素抗性基因的时空分布特征和影响因素研究，着重关注饮用水供水系统生物安全性及控制对策。